Ο έλεγχος ποιότητας και ασφάλειας τροφίμων στην εταιρία ΓΙΩΤΗΣ διασφαλίζεται από την ύπαρξη ανεξάρτητου τμήματος ελέγχου ποιότητας, υπαγόμενο στην διεύθυνση του εργοστασίου. Συνολικά, αποτελείται από επιστημονικό προσωπικό που είναι χημικοί, επιστήμονες τροφίμων και τεχνολόγοι τροφίμων. Έχει στη διάθεσή του δύο κεντρικά εργαστήρια (ένα στο εργοστάσιο στην Αθήνα και ένα στο εργοστάσιο στο Αγρίνιο) και επιπλέον τέσσερα μικρότερα εργαστήρια ελέγχου και σταθμούς εργασίας, σε κάθε παραγωγικό χώρο.

Στόχος του τμήματος είναι η διασφάλιση της ποιότητας και της ασφάλειας των παραγομένων προϊόντων, σύμφωνα με την ισχύουσα νομοθεσία. Για να επιτευχθεί ο συγκεκριμένος στόχος ελέγχεται συνολικά η ακολουθούμενη παραγωγική διαδικασία, με σημείο αφετηρίας τους προμηθευτές της εταιρίας, μέσω ενός πολύ αυστηρού πλάνου επιθεωρήσεων των εγκαταστάσεων τους, καθώς και με ελέγχους και συχνότατες αναλύσεις των παραλαμβανόμενων από αυτούς πρώτων υλών. Στη συνέχεια, ελέγχονται επί 24ώρου βάσεως οι ακολουθούμενες διεργασίες παραγωγής, τόσο αναφορικά με την εφαρμοζόμενη ορθή βιομηχανική και υγιεινή πρακτική της παραγωγής, της αποθήκευσης και της διακίνησης των πρώτων υλών, των ενδιαμέσων και τελικών προϊόντων, όσο και αναφορικά με τη συνεχή δειγματοληψία και ανάλυση των παραγομένων προϊόντων, βάση ενός αυστηρότατου πλάνου ελέγχου.

Στα εργαστήρια του ποιοτικού ελέγχου, πραγματοποιείται μεγάλος αριθμός οργανοληπτικών ελέγχων από ομάδα εκπαιδευμένων δοκιμαστών, ώστε η ποιότητα να διατηρείται αναλλοίωτη με το πέρασμα του χρόνου και ταυτόχρονα διενεργούνται σειρά φυσικοχημικών ελέγχων, κυρίως με την βοήθεια εργαστηριακών συσκευών όπως pH-μετρα, μετρητές ιξώδους και υφής, μετρητές υγρασίας, ενεργότητας νερού και μετρητές δείκτη διάθλασης και άλλα, αλλά και πολύ πιο εξελιγμένων οργάνων ελέγχου, όπως οι αυτόματοι μετρητές σύστασης, τα φασματόμετρα NMRMiniSpec και FT-IRanalyzer ή οι μετρητές Rancimat, για τον έλεγχο της οξειδωτικής αντοχής των λιπαρών υλών και Chopin Alveograph για τον έλεγχο των αλεύρων. Ταυτόχρονα με την χρήση γρήγορων τεχνικών Petrifilm, γίνεται συνεχής παρακολούθηση των μικροβιολογικών δεικτών υγιεινής.

Μεγάλη αξία δίνει η εταιρία όχι μόνο στον έλεγχο, αλλά και στην πρόληψη. Ως εκ τούτου, εκπονεί ετήσια προγράμματα εκπαίδευσης του προσωπικού σε ευρεία θεματολογία, όπως υγιεινή στην παραγωγή και την τεχνική υποστήριξη, νέες τεχνικές ελέγχου, εξέλιξη των στελεχών παραγωγής και ελέγχου κλπ. Επίσης, το επιστημονικό προσωπικό ενημερώνεται διαρκώς για τις αλλαγές στην νομοθεσία τροφίμων και τις νεότερες εξελίξεις στην έρευνα για την ποιότητα και ασφάλεια τροφών, αναθεωρώντας, όποτε χρειάζεται, καταλλήλως, τη μελέτη ασφάλειας τροφών της εταιρίας.

Το στρατηγικό πλεονέκτημα που διαθέτει η εταιρία ΓΙΩΤΗΣ σε θέματα έρευνας είναι το Ελληνικό Κέντρο Έρευνας και Καινοτομίας (Hellenic Research & Innovation Center, HRIC, http://hric.gr/), το οποίο είναι η εξέλιξη των χημικών και μικροβιολογικών εργαστηρίων της, σε έναν ανεξάρτητο φορέα και το οποίο παραδόθηκε στις αρχές του 2017. Το HRIC ιδρύθηκε με σκοπό να υπηρετεί τις σύγχρονες ανάγκες της Βιομηχανίας και της Επιχειρηματικότητας. Βασικές του αξίες είναι η διασφάλιση της ποιότητας των παρεχόμενων υπηρεσιών και η ανάπτυξη καινοτόμων δράσεων στον τομέα της εφαρμοσμένης έρευνας. Προάγει την συνεργασία μεταξύ βιομηχανίας και επιστημονικών φορέων για την ενίσχυση της ανταγωνιστικότητας των ελληνικών προϊόντων. Επιπλέον ειδικεύεται στην διατροφή του ανθρώπου, στην τεχνολογία και ασφάλεια τροφίμων, στον έλεγχο ποιότητας και στην έρευνα, ανάπτυξη και προώθηση προϊόντων τροφίμων.

Το HRIC στεγάζει εργαστήρια Μοριακών και Μικροβιολογικών αναλύσεων και Ενόργανης Ανάλυσης, εξοπλισμένα με υπερσύγχρονα μηχανήματα και εγκαταστάσεις τα οποία ειδικεύονται στη διασφάλιση της ασφάλειας των τροφίμων και της προστασίας των καταναλωτών. Επιπλέον μέρος του HRIC είναι και το Ινστιτούτο Διατροφής και Υγείας, το οποίο καινοτομεί στην Επιστήμη της Διατροφής, με στόχο την ανάπτυξη τροφίμων που προάγουν την υγεία του καταναλωτή, ικανοποιούν τις ανάγκες της βιομηχανίας και προωθούν έναν υγιεινό τρόπο ζωής βασισμένο στα τελευταία επιστημονικά δεδομένα.

Υποστηρίζεται από κατηρτισμένο επιστημονικό προσωπικό, οι οποίοι είναι κάτοχοι είτε διδακτορικού τίτλου είτε μεταπτυχιακού τίτλου με πλήθος δημοσιεύσεων σε περιοδικά, βιβλία και επιστημονικά συνέδρια με έμφαση, κυρίως, στην τεχνολογία και ασφάλεια τροφίμων. Η συνεργασία της Διεύθυνσης Έρευνας με το HRIC  είναι σημαντική, τόσο για την υποστήριξη των αναλύσεων που απαιτούνται για θέματα έρευνας, όσο και σε προχωρημένες μορφές έρευνας που έχει την δυνατότητα να εκτελέσει το εργαστήριο.